第一波のミサイル攻撃が功を奏し、とりあえずの危機は回避でき、安堵な雰囲気に包まれるアメリカ合衆国大統領直轄のブラッサー将軍（アーニー・ハドソン）を中心とした“隕石緊急対策チーム”。
しかし事態が、もっと悪い方向に進んでいることに、メンバー達は気づいていなかった。
メキシコにいる天文学者：リーマン博士（クリスファー・ロイド）の助手：イモジェンは、リーマン博士の計算報告が間違っていたことに気づく。
隕石群にミサイルが当たり、粉砕されたかのように見えたが、実はその一部分を破壊したにすぎず、さらに超巨大な隕石が地球に向かっていることが判明した。
イモジェンは、その報告を“隕石緊急対策チーム”にしようとするが、様々な障害に阻まれ連絡ができずにいた。
そして超巨大隕石の地球への激突は、もう間近に迫っていた････。
